يصدر المركز مجموعة من السلاسل العلمية التى تحقق أهدافه، وهى:
1- مجلة "رسالة المشرق": وهى مجلة دورية علمية محكمة فى مجال الدراسات الشرقية، وتضم فى محتوياتها دراسات وأبحاث فى اللغات الشرقية وآدابها المختلفة, وترحب المجلة بنشر الأبحاث والدراسات من كافة الباحثين على مستوى الجامعات المصرية والعربية والإسلامية والدولية.
2- مجلة دراسات شرقية ويابانية:
3- سلسلة الدراسات الدينية والتاريخية: وتعنى بدراسة المجتمعات الشرقية التى تدخل فى نطاق تخصص المركز ونشاطاته.
4- سلسلة الدراسات الأدبية واللغوية: وتعنى بتقديم الدراسات الأدبية واللغوية المتخصصة فى مجال اللغات الشرقية.
5- سلسلة قضايا إيرانية: وتعنى بالدراسات المتعلقة بإيران وأحوال المجتمع الإيرانى.
6- سلسلة فضل الإسلام والمسلمين على اليهود واليهودية: وتعنى بإبراز الأثر الدينى والحضارى الإسلامى على الثقافة اليهودية.
7- سلسلة الحوار بين الأديان والتقاء الحضارات: وتعنى بتقديم وجهات النظر الإسلامية فى حوار الأديان والحضارات وتصحيح وجهات النظر الغربية عن الإسلام والمسلمين.
